Ke skutečnosti, že rozhodnutí o povolení výjimky z ochrany kriticky ohrožených druhů je podkladem (a řetězícím se) rozhodnutím pro územní řízení, se Nejvyšší správní soud v minulosti ve své judikatuře již jasně vyjádřil. V rozhodnutí č. j. 1 As 37/2005 ‑ 154 ze dne 14. 2. 2008, Nejvyšší správní soud vyslovil závěr, že „rozhodnutí o povolení výjimky ze zákazů u zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů podle § 56 odst. 1 zákona č. 114/1992 Sb. musí být vydáno již před vydáním rozhodnutí o umístění stavby.“ Od tohoto právního názoru neshledal důvod se odchýlit ani první senát v rozhodnutí č. j. 1 As 47/2007 - 134 ze dne 2. 9. 2009, který vyšel z toho, že umístění stavby je podle § 32 odst. 1 písm. a) stavebního zákona (zákon č. 50/1976 Sb.) možné jedině na základě pravomocného rozhodnutí o umístění stavby. V tomto rozhodnutí se stanoví mj. stavební pozemek, na němž má být stavba umístěna, jakož i podmínky pro umístění stavby na něm (§ 4 odst. 1 písm. d/ vyhlášky č. 132/1998 Sb., kterou se provádějí některá ustanovení stavebního zákona). V podmínkách pro umístění stavby se stanoví zejména požadavky na ochranu zdraví, životního prostředí, na ochranu urbanistických a architektonických hodnot v území včetně určení druhu a barvy vnějších úprav stavby (krytiny, omítek, nátěrů apod.), na výškové a polohové umístění stavby, odstupy od hranic pozemku a od sousedních staveb, napojení na sítě technického vybavení a pozemní komunikaci, výšku stavby, požadavky vyplývající z blízkosti chráněných území a ze stanovisek dotčených orgánů státní správy a požadavky na vytváření podmínek pro přístup a užívání staveb osobami s omezenou schopností pohybu a orientace (§ 4 odst. 2 vyhlášky č. 132/1998 Sb., kterou se provádějí některá ustanovení stavebního zákona). Je-li umístění stavby možné pouze na základě pravomocného rozhodnutí o umístění stavby, přičemž v tomto rozhodnutí se určí konkrétní stavební pozemek a podmínky pro umístění stavby, mj. i požadavky na ochranu životního prostředí, vyplývá z toho nutnost předchozího povolení výjimky podle § 56 odst. 1 zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, má-li být stavba umístěna v místě s výskytem zvláště chráněných druhů živočichů a rostlin. Pokud by výjimka podle § 56 odst. 1 zákona o ochraně přírody a krajiny nebyla povolena, nemohla by na daném území ani být umístěna stavba. První senát v citovaném rozhodnutí dospěl k závěru: „Musí-li dle konstantní judikatury Nejvyššího správního soudu rozhodnutí o povolení výše uvedené výjimky předcházet vydání územního rozhodnutí a být podkladem pro toto rozhodnutí, tím spíše je třeba trvat na tom, že územnímu rozhodnutí musí předcházet podrobný biologický průzkum (podmínka č. 16 stanoviska EIA), kterým by bylo zjištěno, zda posuzovaná stavba zasahuje do biotopů zvláště chráněných rostlin a živočichů či nikoliv.“ Rovněž k otázce statutu rozhodnutí o povolení výjimky z ochrany kriticky ohrožených druhů jako podkladového rozhodnutí pro územní řízení o umístění stavby se tedy judikatura již vyjádřila jasně a konzistentně a šestý senát neshledal důvod se od citovaného ustáleného právního názoru odchýlit.